O MEC (Ministério da Educação) divulgou o Índice Geral dos Cursos das universidades de todo o Brasil. A Unisinos é a 4º melhor universidade privada do Brasil e a 2º do Rio Grande do Sul. Entre as referências utilizadas para o cálculo está a nota do Enade de 2011. Além disso, a qualificação dos professores e a infraestrutura da instituição são avaliadas.
Também nos dados divulgados apontou que o curso de Engenharia de Alimentos da Unisinos foi considerado o melhor do país. Engenharia Civil, Física e Análise e Desenvolvimento de Sistemas também estão entre os melhores cursos no Brasil.